為集團型公司總部設計組織結構是一項相對復雜的專業活動，因為涉及到戰略規劃、業務協同整合、管控模式、功能定位、組織功能關系等多方面因素。
戰略規劃明確了企業所應該擁有的核心職責功能和目標導向，也基本框定了企業可以適用的組織形態；
業務協同整合是組織設計的前提之一。基于協同、協作進行業務整合，可以在事先實現組織功能的專業劃歸，便于在事后較為順利的發揮專業職能以影響業務單元；
管控模式及功能定位界定了集團公司總部應該具有的核心職責以及業務權限、管理權限，這是組織結構呈現的主要內容；
組織功能關系影響部門的合并與拆立，協作、監督、耦合的關系會影響到部門設置以及分管領導的分工。
舉一個咨詢案例來說明：
深藍咨詢目前在為一家集團型公司設計管控模式及組織結構。該公司實行相關多元化業務戰略，多個業務之間存在協同效能，且戰略目標明確，對客戶、市場、效率等成功因素界定清晰，因此項目組在起初階段便基于集團戰略規劃對各業務板塊設計了業務整合方案，將協同可行性高、效用大的業務板塊進行了管理整合。
在對業務板塊整合的基礎上，基于戰略規劃和不同業務板塊的戰略地位設計管控模式，確定“戰略管控型”、“操作管控型”兩種模式，并進一步明確總部在業務、職能、資源管理三方面關鍵事項的權責界面和功能定位。基于此，結合價值鏈分析，項目組便初步得出了該集團公司總部應該設置的部門以及部門核心職責、權限。
最后，項目組分析業務部門、職能部門、決策部門之間的工作關系，并基于精簡、效率原則，將某些部門進行合并，某些部門單獨另設，最終輸出集團公司組織結構圖和部門職責說明文件。
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